Un equipo científico liderado por Rosa Fernández, del Instituto de Biología Evolutiva (IBE, CSIC-UPF), y Ana Rojas, del Centro Andaluz de Biología del Desarrollo (CABD-CSIC-UPO), ha desarrollado una herramienta basada en inteligencia artificial capaz de predecir la función de proteínas desconocidas a partir de secuencias genómicas. El tráiler, estrenado este martes, representa un paso decisivo en la exploración del llamado proteoma oscurotodas proteínas cuya función aún se desconoce.

La herramienta, llamada FANTASIA (AnnoTAción funcional basada en incrustación de SIMilAridad espacial), puede analizar genomas completos con precisión cercana al 100%. En sus primeras pruebas, los investigadores asignaron funciones a 24 millones de genes que codifican proteínas pertenecientes a casi mil especies animales.

Inteligencia artificial al servicio de la biología

FANTASIA utiliza modelos de lenguaje similares a los utilizados por sistemas como ChatGPT, pero aplicados a la lectura de secuencias genéticas. En lugar de comparar genes con otros ya conocidos, la herramienta Interpreta el ADN como si fuera texto.identificando patrones y deduciendo el posible papel biológico de cada proteína.

“Comprender la función de estos genes abre una nueva ventana al conocimiento de la biología y la evolución animal”, subraya Fernández. Su colega Ana Rojas destaca que el método “va más allá de la homología clásica”, ya que los modelos lingüísticos permiten inferir funciones incluso en genes sin equivalentes conocidos.

Con esta metodología, FANTASIA puede procesar un genoma completo en apenas unas horas en un ordenador estándar o en 30 minutos en equipos especializados. Además, su código abierto y su facilidad de uso la convierten en una herramienta accesible para laboratorios de todo el mundo.

Un recurso clave para la investigación y la salud.

Todo esto tiene un impacto directo en la salud. Al identificar el papel de estas proteínas y los procesos biológicos en los que participan, los investigadores pueden descubrir nuevas dianas terapéuticases decir, proteínas clave que podrían servir como objetivos para desarrollar fármacos más precisos y eficaces. Además, facilita el estudio de enfermedades genéticas o metabólicas al revelar funciones biológicas hasta ahora ocultas, que acelera el desarrollo de tratamientos innovadores y la comprensión de patologías complejas.

«Es impensable estudiar uno a uno todos los genes de cada organismo. FANTASIA actúa como generador de hipótesis que orienta futuras investigaciones», explica Fernández. «Encontramos que FANTASIA también funciona con plantas, virus, hongos y protistas. Su potencial para ampliar el conocimiento sobre la vida es prácticamente ilimitado», concluye Rojas.

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